Für die Übertragung von EDI-Nachrichten zum Geschäftspartner und zurück werden die sogenannten EDI-Übertragungsprotokolle genutzt. Sie bestimmen, wie ein EDI-Dokument übertragen wird (z.B. Verschlüsselungsart, eingesetzte Software etc.). Es ist also eine Art eines Kommunikationsprotokolls zwischen den Teilnehmer-Systemen.
Zu den häufigsten EDI-Protokollen gehören OFTP2, X.400, AS2, FTP/sFTP, HTTP/HTTPS.
